Yugoslavya’nın parçalanmasıyla birlikte, 29 Şubat-1 Mart 1992 tarihlerinde düzenlenen referandumla, Slovenya ve Hırvatistan’ın ardından bağımsızlığına kavuşan Bosna Hersek, bağımsızlığının 23 yılını kutluyor.
Yugoslavya’nın dağılmaya başladığı dönemde, Slovenya ve Hırvatistan’ın bağımsızlıklarını ilan etmesiyle, Bosna Hersek’te de bağımsızlık için referanduma gidilmesi kararı alındı. Ülke genelinde yapılan ve Sırp vatandaşların boykot ettiği referanduma halkın yüzde 63.6’sı katılırken, katılanların yüzde 99.7’si bağımsızlık için “evet” oyu kullandı. Referandumun ardından Bosna Hersek, Yugoslavya’dan ayrılarak bağımsızlığını ilan etti ancak bağımsızlığın bedeli üç buçuk yıl süren kanlı bir savaşla ödendi.
Referandum kararının alındığı dönemde, Hırvatistan ve Slovenya bağımsızlıklarını ilan etmiş, Hırvatistan’da devam eden silahlı çatışmalar, 1991 yılı eylül ayında, askerlerinin büyük çoğunluğunu Sırplar’ın oluşturduğu Yugoslavya ordusunun Ravno köyüne saldırmasıyla Bosna Hersek’e de sıçramıştı.
Aynı dönemde, Sırp Demokrat Partisi’nin liderliğinde, Saraybosna yakınlarındaki Pale kasabasında bir araya gelen Bosnalı Sırplar, 9 Ocak 1992’de Bosna Sırp Cumhuriyeti’ni, Grude’de bir araya gelen Bosnalı Hırvatlar ise 18 Kasım 1991’de Hersek Bosna Hırvat Birliği’ni ilan etmişlerdi.
Yugoslavya’ya bağlı Bosna Hersek Cumhuriyeti Meclisi, 25 Ocak 1992’de, uzun süren tartışmaların ardından referandum kararı aldı. Meclisteki oturumda, Boşnak ve Hırvat temsilciler referandum lehine oy kullanırken, Radovan Karaciç öncülüğündeki Sırplar ise referandum kararına destek vermedi.
Cumhuriyet Seçim Komisyonu tarafından düzenlenen referandum, Sırplar’ın tüm engelleme ve tehditlerine rağmen yapıldı ancak referandumdan sadece bir gün sonra, tüm Saraybosna Sırp güçleri tarafından bloke edildi. Sırp Demokrat Partisi tarafından kurulan kriz merkezi, Bosna Hersek’in bağımsızlığına dair tüm aktivitelerin durdurulması uyarısında bulundu.
Seçim Komisyonu, 6 Mart 1992’de referandumun sonuçlarını açıkladı. Sonuçlara göre, referanduma katılanların yüzde 99.7’si bağımsızlık için “evet” oyu kullanmıştı.
Bağımsızlık ilanının ardından, 6 Nisan 1992’de Avrupa Topluluğu, Bosna Hersek’in bağımsızlığını tanıdı. Ülke, 22 Mayıs 1992’de ise Birleşmiş Milletler (BM) üyesi oldu.
Bağımsızlığın ardından, Yugoslavya’nın silahlandırdığı Bosnalı Sırplar, ülkede etnik temizliğe başladı. Kurulan toplama kamplarında, Boşnaklar’a yönelik işkence, katliam ve sistematik tecavüzler gerçekleştirildi.
Uluslararası toplumun gözleri önünde, Avrupa’nın ortasında tam üç buçuk yıl süren ve birçok katliamın yanı sıra ülkenin doğusundaki Srebrenitsa’da soykırımın işlendiği savaş, 1995 yılında imzalanan Dayton Barış Antlaşması ile son buldu.
Savaş boyunca, yüzbinlerce insan hayatını kaybetti, milyonlarca insan evini terk etmek zorunda kaldı, 50 bine yakın kadına tecavüz edildi. Savaşın öncesinde, nüfusunun büyük çoğunluğunu Boşnaklar’ın oluşturduğu Srebrenitsa, Foça, Zvornik, Bratunats, Vişegrad gibi şehirlerde, yapılan katliamlar nedeniyle neredeyse hiç Müslüman bırakılmadı.
Avrupa’da, İkinci Dünya Savaşı’nın ardından en büyük katliamların, sistematik tecavüzlerin, soykırımın yaşandığı Bosna’daki savaş, 1995 yılında ABD’nin Ohio eyaletindeki Dayton Hava Üssü’nde imzalanan ”Dayton Barış Antlaşması” ile sona erdi. Antlaşma, Amerikalı diplomat Richard Halbrooke’un girişimleriyle Boşnak lider Aliya İzzetbegoviç, Sırbistan Devlet Başkanı Slobodan Miloşeviç ve Hırvatistan Devlet Başkanı Franyo Tucman tarafından imzalandı.
Dayton, ülkede silahları sustursa da ardında karmaşık bir siyasi sistem bıraktı. Antlaşmaya göre, üç buçuk yıl birbiriyle savaşan Boşnak, Sırp ve Hırvatlar ülkenin kurucu unsurları olarak belirlendi.
Ülkedeki “üç başlı” yapı ve antlaşmanın getirdiği karmaşık siyasi yapı, Bosna Hersek’i dünyanın en karmaşık idaresinin hüküm sürdüğü ülkelerden biri haline getirdi.
Ülke ayrıca, topraklarının yüzde 49’unu oluşturan Bosna Sırp Cumhuriyeti (RS) ile ülke topraklarının yüzde 51’ini oluşturan Bosna Hersek Federasyonu (FBIH) ve özerk yapıya sahip Brçko bölgelerine ayrıldı. Antlaşmaya göre, FBIH kendi içinde her biri kendi başbakanına, bakanlarına ve parlamentosuna sahip 10 kantona ayrıldı.
Bu arada, ülkenin bağımsız olduğu 1 Mart, Bosna Hersek Federasyonu’nunda Bağımsızlık Günü olarak kutlanıp, resmi tatilken, Bosna Sırp Cumhuriyeti’nde ise yılın herhangi bir günü olarak kabul ediliyor.